W trakcie badań powierzchniowych Archeologicznego Zdjęcia Polski zarejestrowano na terenie miejscowości 6 stanowisk archeologicznych (punktów osadniczych). Najstarsze zabytki w postaci kilku fragmentów naczyń glinianych pochodzą z wczesnego neolitu i należą do kultury ceramiki wstęgowej rytej (ok. 5500-5200 r. p.n.e.). Śladowe osadnictwo istniało w środkowym neolicie, związane z kulturą pucharów lejkowatych (4200-2900 r. p.n.e.). Znane jest ono na podstawie fragmentów ceramiki i kilku odłupków krzemiennych. Inne znaleziska ceramiki wskazują na obecność osadnictwa we wczesnej epoce brązu (2200-1600 r. p.n.e.).,
w tym związanego z kulturą trzciniecką (1600-1200 r. p.n.e.). Na 3 stanowiskach wystąpiły zabytki ceramiczne kultury łużyckiej (1200-400 r. p.n.e.) z epoki brązu. Niewielka osada istniała w okresie wpływów rzymskich, co potwierdzają znaleziska fragmentów naczyń glinianych. Wczesne średniowiecze (VI-XIII w.) przyniosło nieznaczne ożywienia w zasiedlaniu tych terenów. Kilkadziesiąt fragmentów ceramiki z tego okresu znaleziono na 4 stanowiskach.
Nazwa miejscowości jest zagadkowa i obecnie trudna do wyjaśnienia,
w dokumentach przedstawiana była w różnych formach:
1450r. pisano ją jako Szeppino,
1541r. Szopyn,
1564r. Sepin,
1618r. – Szopinek,
1732r. Szepin,
1743r. Szupinek,
1751r. Szczepinek,
1786r. Szypinek.
1450r. - pierwsze wzmianki o wsi, wtedy jej dziedzicem był Andrzej (Jan) „de Szeppino”. W 1531r. wieś należała do łacińskiej parafii sitanieckiej, ale jako jedyna miejscowość dzisiejszej gminy Zamość, należała administracyjnie do staropolskiego powiatu grabowieckiego województwa bełskiego (leżała na jej zachodnim skraju).
W połowie XVIw. poszczególne części wsi były własnością przedstawicieli różnych rodów szlacheckich. Rejestr poborowy z 1578r. wskazywał działy: Andrzeja i Wojciecha Stapkowskich, Stabrowskiego, Stawskiego, Kopińskiego
i Zabielskiego.
1579r. - Jan i Dorota ze Stapkowskich Żebrowscy zostali zmuszeni oddać własne, mocno obciążone długami działy w Sepinie Janowi Zamoyskiemu.
1580r. - Jan Zamoyski nabył część wsi należącą do Wojciech Stabrowskiego.
1583r.- Jan Zamoyski pozbył się z pozostałej części wsi swojego krewnego – Jacka Zamoyskiego, zabierając mu udział za jego długi.
1589r. - całość wsi została włączona do Ordynacji Zamojskiej, miejscowość pozostawała w niej aż do XIX w.
1618r. - uległa zmianie nazwa wsi z Szepina czy Szopina na Szopinek. Być może wiązało się to ze zmianą charakteru gospodarczego i przynajmniej częściową likwidacją wsi na korzyść folwarku, ponieważ od tego czasu coraz częściej pojawiają się opisy nie wsi, a jedynie samego folwarku szopińskiego.
przed 1758r. - folwark został przekazany bazylianom zamojskim przez Jana Jakuba Zamoyskiego, opiekuna małoletniego ordynata Klemensa. W 1760r. nadanie odebrano zakonnikom unickim, w zamian obiecując wypłatę uposażenia 500 zł rocznie.
II poł. XVIIIw. - we wsi, obok starego, powstał drugi nowy folwark ordynacki. Na planie z 1827r. w Szopinku widzimy tylko jeden folwark, nie wykazano istnienia wsi.
1880r. - działał tu drewniany młyn wodny, który był własnością Franciszka Kozaka.
ok. 1892r. - w Szopinku były 2 domy dworskie, 31 domów chłopskich.
IX.1905r. - robotnicy rolni, pod wpływem agitacji PPS, celem wymuszenia ustępstw na właścicielu, przerwali pracę. Strajk stłumiła straż ziemska. W 1919r. robotnicy rolni i służba z folwarku Szopinek podpisała petycję z żądaniami poprawy sytuacji ekonomicznej i socjalnej.
1942r. - miała działać we wsi tajna organizacja o nazwie Unia, prawdopodobnie związana z ruchem o orientacji katolickiej, która w późniejszym okresie związana była z podziemnym Stronnictwem Pracy. Jej głównym założycielem i ideologiem był Jerzy Braun.
2-9.XII.1942r. - Niemcy wysiedlili Szopinek. Zgodnie z niemieckimi planami osiedleńczymi wieś miała być przebudowana i zreorganizowana. Przed „reformą” we wsi istniało 68 gospodarstw, a po scaleniu, pozostało 42. Na 17 gospodarstwach mieli pracować „nowoosiedleni chłopi polscy”, a na pozostałych 25 – „miejscowi chłopi od dawna tu osiadli”. Miano tu umieścić 40 rodzin polskich, „wypuszczonych zza drutów w Zamościu”.
1.VII.1944r. - aż 20 osób z Szopinka należało do konspiracji akowskiej.